南有馬から口之津に入って右手の山頂に鎮座する。国道に案内の看板が有るが判りにくい。（01/12/2003）

　宝永５（１７０８）年に讃岐の金刀比羅宮を分祀したもので、祭神は本宮に同じく大物主神で海上安全の守護神として祀られている。

　寛永１５（１６３８）年２月が原城の陥落、享保４（1719）年には唐船が口之津港に入ってきた頃、そんな時代に祀られた琴平神社は、長崎県だけでなく九州でも古い部類の金毘羅様だといわれている。